Pada awalnya, STMIK Mikroskil membuka program sarjana (S-1) Teknik Informatika dan program diploma 3 (D-3) Manajemen Informatika dan Komputerisasi Akuntansi, di samping program D-1 yang sudah ada sebelumnya. Pada tahun 2000, STMIK Mikroskil membuka program sarjana (S-1) Sistem Informasi. Dalam upaya peningkatan mutu dan sekaligus sebagai tolok ukur pendidikan yang telah dilaksanakan, pada tahun 2002, STMIK Mikroskil mengajukan akreditasi ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), dan pada tahun tersebut semua Jurusan/Program Studi telah "Terakreditasi".