Sebelum menjadi STIKES Paguwarmas pada awalnya adalah Akademi Kebidanan Paguwarmas Maos Cilacap yang berdiri sejak tahun 2002, kemudian pada bulan Maret 2014 meningkat menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Paguwarmas Maos Cilacap dengan SK MENDIKBUD  RI. No. 074/P/2014. STIKES Paguwarmas Maos Cilacap terdiri dari dua Program Studi yaitu D III Kebidanan yang sudah terakreditasi “B” dari BAN-PT dan S 1 Farmasi dan juga sudah terkreditasi dari Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan RI.

STIKES Paguwarmas Maos Cilacap bernaung dibawah Yayasan Paguwarmas Maos Cilacap mempunyai komitmen untuk selalu menjunjung nilai Tri Dharma Perguruan Tinggi dengan mengedepankan pengembangan ilmu kesehatan bertaraf Nasional maupun Internasional dengan prioritas utama menghasilkan sarjana kesehatan yang berwawasan global tanpa meninggalkan nilai-nilai kebangsaan serta tanggap terhadap lingkungan, memiliki kemandirian dalam mendukung Pembangunan Nasional khususnya dibidang kesehatan. Serta mengupayakan pertumbuhan perguruan tinggi yang berkesinambungan dengan membina kehidupan akademik yang sehat serta mengembangkan sumber daya manusia Indonesia menjadi tenaga profesional sehingga mampu memenuhi kebutuhan tenaga kesehatan baik swasta maupun pemerintah.