Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Muhammadiyah Kudus berkedudukan di kota kudus, tepatnya di Jalan Ganesha I Purwosari Kabupaten Kudus Jawa Tengah. Sekolah Tinggi didirikan pada tanggal 12 Agustus 2009 dengan SK Mendiknas no 127/D/O/2009. Keberadaan STIKES Muhammadiyah Kudus bermula dari sejarah panjang penyelenggaraan pendidikan kesehatan sejak tahun 1984 dari SPK (Sekolah Perawat Kesehatan) Muhammadiyah Kudus, tahun 1999 konversi menjadi Akper (Akademi Keperawatan) Muhammadiyah Kudus, pada tahun 2004 dengan adanya penambahan program studi D-3 Kebidanan nama institusi menjadi Akkes (Akademi Kesehatan) Muhammadiyah Kudus. Dan dengan turunnya ijin penyelenggaraan program Studi S-1 Keperawatan maka nama institusi resmi menjadi Stikes (Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan) Muhammadiyah Kudus.