IKIP PGRI Wates berdiri pada tanggal 15 Maret 1968, semula bernama KIP PGRI Yogyakarta Cabang Wates, yang menyelenggarakan kegiatan dibawah Yayasan Pendidikan PGRI Daerah Istimewa Yogyakarta dengan Akta Notaris R. M. Surjanto Partaningrat No. 03 tanggal 3 Mei 1961. Pendidikan yang diselenggarakan pada waktu berdirinya adalah Program Sarjana Muda.