Pada awalnya Perguruan tinggi Alma Ata di bawah Yayasan Alma Ata berbentuk  STIKES dan STIA Alma Ata. STIKES Alma Ata diselenggarakan sejak tahun 2006 dengan landasan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No: 108/D/O/2006, dan dilengkapi dengan Rekomendasi Gubernur DIY No. 421.4/2408, Rekomendasi Kepala Badan PPSDM Departemen Kesehatan RI No. HK.03.2.4.1.02458 (untuk Program Studi D3 Kebidanan) dan No. HK.03.2.4.1.02459 (untuk Program Studi S1 Ilmu Keperawatan). Sedangkan STIA Alma Ata diselenggarakan pada tahun 2007 berdasarkan SK KEMENAG RI No. Dj.I/220.D/2007 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah dan Sekolah Tinggi Ekonomi Islam Alma Ata Yogyakarta.

Seiring waktu dan kebutuhan masyarakat, pada tahun 2015 Perguruan Tinggi Alma Ata resmi menjadi Universitas dengan nama Universitas Alma Ata dengan SK Menristekdikti RI No.155/KPT/I/2016 berlaku 21 Desember 2015.