Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMB Yogya) yang dahulu berdiri dengan nama IPWI (Institut Pertanian Wangsa Manggala Indonesia), yang kemudian berubah nama menjadi Universitas Wangsa Manggala (UNWAMA) di tahun 1986 dan berubah nama menjadi Universitas Mercu Buana Yogyakarta pada tahun 2008. Yayasan memandang perlu untuk mengganti nama UNWAMA menjadi Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMB Yogya) pada Mei 2008 (SK Yayayasan, dan SK DIKTI tanggal 12 Juni 2008). Melalui SK Yayasan Wangsa Manggala Nomor : 02/SKep/Ket/YWM/IV/2008 tertanggal 1 April 2008 secara resmi Universitas Wangsa Manggala (UNWAMA) beralih nama menjadi Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMBY). Secara Resmi pada tanggal 12 Juni 2008 disyahkan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan nasional Republik Indonesia Nomer : 102 /D/O/2008 Tentang Perubahan Nama Universitas Wangsa Manggala Yogyakarta menjadi universitas Mercu Buana Yogyakarta yang diselenggarakan oleh Yayasan Wangsa Manggala Yogyakarta.