Akademi Akuntansi Muhammadiyah (AAM) Klaten didirikan oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Kab. Klaten pada tahun 1997. Awalnya di era tahun 80-an PDM Klaten saat itu berkeinginan untuk mendirikan Universitas Muhammadiyah Klaten. Namun karena sesuatu hal rencana tersebut tidak terlaksana. Oleh sebab itu dirintislah pendirian Institut Agama Islam Muhammadiyah (IAIM) Klaten, yang sekarang menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah (STAIM) Klaten. Setelah itu PDM Klaten merintis berdirinya Akademi Keperawatan (AKPER) Muhammadiyah dan Akademi Kesehatan Lingkungan (AKL) Muhammadiyah Klaten, yang kemudian dilebur menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Muhammadiyah Klaten.