Misi Politeknik St. Wilhelmus adalah menjadi perguruan tinggi yang mendorong segenap civitas akademika dan semua kelompok masyarakat yang berakhlak mulia, kreatif, inovatif, berwawasan global, cerdas, bertanggung jawab, berjiwa wirausaha serta menguasai ilmu pengetahuan, teknologi dengan :
Menyelenggarakan pendidikan dan pembelajaran jalur vokasi bidang pertanian, peternakan, dan bisnis .
Melakukan penelitian dan pengembangan ilmu-ilmu terapan bidang pertanian, peternakan dan ekonomi bisnis yang bertaraf lokal, nasional, regional dan internasional.
Menyelenggarakan program pengabdian kepada masyarakat dengan berorientasi pada pembelajaran segenap lapisan masyarakat dalam bidang pertanian dan bisnis yang bertaraf lokal, nasional, regional dan internasional.
Membangun dan Menyelenggarkan kerja sama dengan pihak eksternal untuk untuk memperkuat daya saing.