Kelahiran UNUGHA Cilacap melalui proses panjang dan berliku. Keberadaanya bermula dari ide untuk mengembangkan IAIIG Cilacap menjadi unversitas. Pada waktu itu yang digagas adalah Universitas Islam Al Ghazali (UNIGHA). Karena secara de jure AIIG Cilacap masuk dalam pembinaan Direktorat Pendidikan Tinggi Islam Kementrian Agama, sedangkan universitas secara umum di bawah Direktorat Pendidikan Tinggi Kementrian Pendidikan Nasional,