Menelusuri berdirinya UIN Syarif Hidayatullah Jakarta sesungguhnya mengungkapkan bagian kisah perjuangan umat Islam Indonesia dalam rangka mewujudkan keinginan untuk memiliki lembaga pendidikan tinggi yang berwawasan keislaman, kemodernan, dan keindonesiaan. Oleh karenanya, berdirinya UIN pada dasarnya merupakan produk keinginan umat Islam untuk membentuk dan mengembangkan lembaga pendidikan yang dapat menggembleng mahasiswanya menjadi kader umat yang handal dalam merespon setiap kebutuhan masyarakat dan perubahan zaman.

Sebagai sebuah lembaga pendidikan tinggi,sejarah perkembangan UIN Jakarta tidak bisa dilepaskan dari sejarah perkembangan perguruan tinggi Islam di Indonesia dalam menjawab kebutuhan pendidikan Islam secara modern. Embrio UIN Jakarta dapat ditelusuri dari pendirian Pesantren Luhur (pada masa menjelang kemerdekaan), Sekolah Tinggi Islam di Padang dan di Jakarta Tahun 1946, Universitas Islam Indonesia (UII) di Yogyakarta, serta pendirian Akademi Dinas Departemen Agama (ADIA) tahun 1957 di Jakarta hingga menjadi UIN Syarif Hidayatullah sekarang.