Perubahan IKIP Yogyakarta menjadi Universitas Yogyakarta (UNY) memang mengandung pro dan kontra di dalam masyarakat. Hal ini menunjukan adanya indikasi kuat dan valid bahwa IKIP Yogyakarta memang telah menjadi bagian penting dari system kehidupan masyarakat dan system pendidikan nasional di Indonesia. Dinamika dan wacana dalam masyarakat menggambarkan adanya kekhawatiran akan terlantarnya pendidikan guru setelah IKIP Yogyakarta berubah menjadi UNY.

Kecemasan masyarakat tersebut justru mempunyai nuansa positif yang memacu UNY untuk dapat meyakinkan semua pihak bahwa di masa yang akan datang tetap mempertahankan pendidikan guru. Perubahan IKIP Yogyakarta menjadi UNY diharapkan meningkatkan sistem pendidikan guru karena para dosen di jurusan dapat melakukan fertilisasi silang keilmuan antara mereka yang berlatar belakang kependidikan dan berlatar belakang ilmu dasar.

Pada tahun 2007, survey dari Ditjen Dikti RI menyatakan bahwa UNY merupakan satu-satunya Lembaga Pendidikan Tenaga Kependididkan (LPTK) diantara 20 universitas di Indonesia yang layak masuk (the most promosing university) ke kelas dunia. Untuk itu UNY segera membentuk tim Pengembang UNY menuju World class university (WCU) yang diantaranya bertugas menyiapkan kisi-kisi instrument pengembangan UNY menuju WCU.

Kerja keras tersebut menuai hasil pada tahun 2009, sebanyak 11 unit kerja di UNY dinyatakan layak menerima setifikat ISO 9001:2000 yang dikeluarkan oleh PT. Sucifindo Jakarta. Upacara penyerahan Sertifikat ISO 9001:2000 tersebut dilakukan Mendiknas RI, Prof. Dr. Bambang Sudibyo, MBA. Pada 21 April 2009 melalui menteri Keuangan RI No. 130/KMK.05/2009, UNY telah ditetapkan sebagai instansi pemerintah yang menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU) secara penuh. Pada tahun 2010, UNY menerapkan ISO 9001:2008.

Saat ini UNY terus berupaya meningkatkan diri melalui peningkatan kualitas manajemen institusi pendididkan dan dosen, keunggulan dan kepemimpinan, maupun dukungan fasilitas disemua fakultas dan unit-unit bertaraf internasional. Sejak tahun 2007 UNY telah mengembangkan paradigm pembelajaran online terpadu (E-learning UNY) dan berlangganan jurnal elektronik dari proQuest yang memuat tidak kurang dari 700 jurnal internasional di bidang pendidikan. Akses LAN di area kampus melalui nirkabel juga telah tersedia melalui hotspot wifi di 43 titik strategis dengan coverage area mencapai 80% wilayah kampus. Di samping itu, UNY juga tengah membangun networking dengan berbagai universitas dan pusat riset seluruh dunia.