Semula STIKes Siti Hajar Medan bernama Akademi Fisioterapi Siti Hajar Medan yang didirikan sejak tahun 1997 berdasarkan SK Pusdiknakes nomor HK.06.1.1.1995 Latar belakang didirikannya Akademi Fisioterapi Siti Hajar Medan ini adalah berdasarkan pemikiran bahwa di kota Medan baru ada satu institusi yang menyelenggarakan program DIII Akademi Fisioterapi dan dari jumlah lulusan SLTA sederajat, hanya sebagian kecil yang dapat ditampung melalui Pendidikan Tenaga Kesehatan Program DIII Akademi Fisioterapi tersebut. Maka salah satu upaya untuk mengatasi ini, Yayasan Siti Hajar berupaya untuk mendidik tenaga terampil yang siap pakai sesuai dengan makin meningkatnya kebutuhan masyarakat akan tenaga fisioterapi. Tahun 1997-1998 adalah sebagai tahun akademik pertama dimulainya Akademi Fisioterapi Siti Hajar Medan. Pada tahun 2001, Akademi Fisioterapi Siti Hajar Medan untuk pertama kalinya meluluskan mahasiswa sebanyak 42 orang dengan predikat rata-rata cukup memuaskan.