Cikal bakal berdirinya STMIK Kaputama yaitu melalui Pusat Pendidikan Pelatihan Informatika Komputer dan Kewirausahaan (P3IK) Kaputama yang merupakan sebuah lembaga pendidikan, didirikan pada tanggal 21 Maret 2002 oleh Bapak Parlindungan Purba, SH., MM., dan berada dibawah naungan Yayasan Pendidikan Teknologi Informasi Mutiara. STMIK Kaputama merupakan perguruan tinggi pertama dalam bidang informatika komputer di Kota Binjai. Kaputama merupakan singkatan dari Karya Putra Utama.
Penyelenggaraan pendidikan STMIK Kaputama berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 09/D/O/2003, tanggal 31 Januari 2003 untuk mengelola program pendidikan Diploma 3 (D3) dan Strata 1 (S1)